Các Phân hệ chính của phần mềm bao gồm:

1. Phân hệ quản lý Dược; 2. Phân hệ quản lý Tổng kho thuốc; 3. Phân hệ quản lý kho thuốc Quân; 4. Phân hệ quản lý kho thuốc Dịch vụ; 5. Phân hệ quản lý kho thuốc Nội trú; 6. Phân hệ quản lý kho Thiết bị; 7. Phân hệ quản lý tiếp đón (Sử dụng đầu đọc mã vạch 2D); 8. Phân hệ quản lý Phòng khám; 9. Phân hệ quản lý CLS; 10. Phân hệ quản lý Khoa lâm sàng; 11. Phân hệ quản lý Phòng mổ; 12. Phân hệ quản lý Bảo hiểm y tế; 13. Phân hệ kết xuất dữ liệu quyết toán BHYT lên Cổng liên thông BHXH; 14. Phân hệ quản lý Tài chính kế toán (Viện phí); 15. Phân hệ Báo cáo & thống kê (Tách bệnh nhân KCB BHYT & DV); 16. Phân hệ BA điều trị; 17. Phân hệ Quản trị hệ thống; 18. Đào tạo và chuyển giao công nghệ ; 19. Bảo hành & bảo trị toàn hệ thống;